Das älteste Siegel der Meersburger Pfarrgemeinde ist einer Urkunde aus dem Jahr 1288 angefügt: „Sigillum Cuonradi Plebani in Merspurc“ (Siegel des Leutpriesters Konrad in Meersburg). Beurkundet wird darin, dass der Erlös aus einem kirchlichen Grundstücksverkauf für einen Altarstein sowie für den Kauf eines Hauses in Meersburg aufgewendet werden soll.
Man darf also annehmen, dass damals bereits eine Pfarrkirche bestand; jedoch war die Pfarrei zunächst nicht selbständig, sondern bis zur Mitte des 14. Jh. der Pfarrei Seefelden zugeordnet. Das heutige Kirchenschiff der Meersburger Pfarrkirche wurde 1829/33 gebaut.
Einzig der Glockenturm, der im Mittelalter als Wehrturm in die Stadtmauer integriert war, entging seinerzeit dem Abriss. Einzelne Grabmäler an der Umfassungsmauer des heutigen Parkplatzes erinnern daran, dass sich ursprünglich direkt neben der Pfarrkirche der Friedhof befand.
Die Heilig-Kreuz-Kapelle, die daran angrenzte (und um 1830 abgebrochen wurde), diente dafür als Beinhaus.
